Paris 1939: Den unga och ambitiösa Odile Souchet har allt man kan önska sig: en stilig polis till fästman och ett drömjobb på det amerikanska biblioteket i Paris. Men när nazisterna marscherar in i Paris förändras allt. Tillsammans med de andra bibliotekarierna ansluter hon sig till motståndsrörelsen, beväpnade med det starkaste och mest hotfulla vapnet av alla: böcker. Men när kriget äntligen är över är det inte friheten som väntar Odile, utan ett oförlåtligt svek.
Montana 1983: Tonåriga Lily lever ett ensamt liv efter att hennes mamma gått bort. Men när hon lär känna den ensamma gamla damen i grannhuset förändras hennes tillvaro. De delar båda en kärlek till språk och en längtan efter något annat. Ju mer Lily får reda på om sin grannes mystiska förflutna, desto mer inser hon att de har mycket mer gemensamt än hon någonsin kunnat anat.
Hemligheternas bibliotek är en rörande roman som handlar om konsekvenserna av våra handlingar, och om de relationer som skapar oss. Det är också en berättelse om hur hjältemod kan hittas på de allra lugnaste av platser.